يستخدم إيزوميبرازول لعلاج أعراض الارتجاع الحمضي المعدي المريئي (GERD) ، وهي حالة يتسبب فيها التدفق العكسي للحمض من المعدة في حدوث حرقة في المعدة وإصابة محتملة بالمريء.